Cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất được quy định tại Điều 105 Luật đất đai năm 2013, cụ thể như sau:

1. Ủy ban nhân dân cấp tỉnh cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất cho tổ chức, cơ sở tôn giáo; người Việt Nam định cư ở nước ngoài, doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài thực hiện dự án đầu tư; tổ chức nước ngoài có chức năng ngoại giao.

Ủy ban nhân dân cấp tỉnh được ủy quyền cho cơ quan tài nguyên và môi trường cùng cấp cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất.

2. Ủy ban nhân dân cấp huyện cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất cho hộ gia đình, cá nhân, cộng đồng dân cư, người Việt Nam định cư ở nước ngoài được sở hữu nhà ở gắn liền với quyền sử dụng đất ở tại Việt Nam.

3. Đối với những trường hợp đã được cấp Giấy chứng nhận, Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, Giấy chứng nhận quyền sở hữu công trình xây dựng mà thực hiện các quyền của người sử dụng đất, chủ sở hữu tài sản gắn liền với đất hoặc cấp đổi, cấp lại Giấy chứng nhận, Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, Giấy chứng nhận quyền sở hữu công trình xây dựng thì do cơ quan tài nguyên và môi trường thực hiện theo quy định của Chính phủ. Cụ thể Điều 37 Nghị định sô 43/2014/NĐ-CP quy định:

- Đối với địa phương đã thành lập Văn phòng đăng ký đất đai theo quy định về Văn phòng đăng ký đất đai của Nghị định này thì Sở Tài nguyên và Môi trường cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất cho người sử dụng đất, chủ sở hữu tài sản gắn liền với đất đã được cấp Giấy chứng nhận, Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, Giấy chứng nhận quyền sở hữu công trình xây dựng, trong các trường hợp sau:

   + Khi người sử dụng đất, chủ sở hữu tài sản thực hiện các quyền của người sử dụng đất, chủ sở hữu tài sản gắn liền với đất mà phải cấp mới Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất;

   + Cấp đổi, cấp lại Giấy chứng nhận, Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, Giấy chứng nhận quyền sở hữu công trình xây dựng.

- Đối với địa phương chưa thành lập Văn phòng đăng ký đất đai theo quy định về Văn phòng đăng ký đất đai của Nghị định này thì việc cấp Giấy chứng nhận cho các trường hợp nêu trên được thực hiện như sau:

   + Sở Tài nguyên và Môi trường cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất cho tổ chức, cơ sở tôn giáo; người Việt Nam định cư ở nước ngoài thực hiện dự án đầu tư; tổ chức, cá nhân nước ngoài; doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài;

   + Ủy ban nhân dân cấp huyện cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất cho hộ gia đình, cá nhân, cộng đồng dân cư, người Việt Nam định cư ở nước ngoài được sở hữu nhà ở gắn liền với quyền sử dụng đất ở tại Việt Nam.

Bộ Tài nguyên và Môi trường quy định về các trường hợp cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất khi thực hiện đăng ký biến động đất đai, tài sản gắn liền với đất và việc xác nhận thay đổi vào Giấy chứng nhận đã cấp.